यह बयान विवादित इसलिए माना जा रहा है क्योंकि इसमें पूरे मदरसा सिस्टम को सामान्यीकरण करके आतंकवाद का स्रोत बताया गया है। मदरसे मूल रूप से इस्लामी धार्मिक शिक्षा देने वाले संस्थान हैं। कई मदरसे आधुनिक विषयों को भी पढ़ाते हैं, लेकिन कुछ पर कट्टरपंथी विचारों को बढ़ावा देने के आरोप लगते रहे हैं।

विपक्षी दल और कुछ मुस्लिम संगठन इस बयान की आलोचना कर रहे हैं। वे कहते हैं कि ऐसे बयान पूरे समुदाय को बदनाम करते हैं और सांप्रदायिक तनाव बढ़ाते हैं। समाजवादी पार्टी जैसे दल आरोप लगाते हैं कि भाजपा मदरसों को निशाना बनाकर ध्रुवीकरण की राजनीति करती है।